ฝ่ายจัดการคุณภาพน้ำ สังกัดสำนักการสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อม เทศบาลนครนครปฐม จัดตั้งขึ้นครั้งแรกในสถานะ กองช่างสุขาภิบาล เทศบาลนครนครปฐม เมื่อปี พ.ศ. 2540 เพื่อรองรับการถ่ายโอนภารกิจด้านการบริหารจัดการสิ่งแวดล้อมจากกรมโยธาธิการ (เดิม) แต่เนื่องจากมีบุคลากรไม่เพียงพอต่อการปฏิบัติงานจึงลดสถานะเป็น ส่วนช่างสุขาภิบาล สังกัดสำนักการช่าง เมื่อปี พ.ศ.2545 เนื่องจากหน้าที่การปฏิบัติงานบางส่วนซ้ำซ้อนกับภารกิจของสำนักการสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อมจึงถ่ายโอนภารกิจมายังสำนักการสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อมในสถานะฝ่ายจัดการคุณภาพน้ำ ตั้งแต่ ปี พ.ศ.2549จนถึงปัจจุบัน
