ฝ่ายจัดการคุณภาพน้ำ เทศบาลนครนครปฐม สังกัดสำนักการสาธารณศุขและสิ่งแวดล้อมเทศบาลนครนครปฐม มีภารหน้าที่ในการบริหารจัดการคุณภาพน้ำในแหล่งน้ำสาธารณะ ห้วย หนอง คลอง บึง ในเขตเทศบาลนครนครปฐม ตลอดจนบริหารจัดการระบบรวบรวมและบำบัดน้ำเสียของเทศบาลนครนครปฐม ป้องกันและควบคุมมลพิษทางน้ำ แก้ไขปัญหาเหตุร้องเรียน เดือดร้อนรำคาญจากมลพิษทางน้ำ ภายใต้เทศบัญญัติการสาธารณสุข เทศบัญญัติการรักษาความสะอาดและความเป็นระเบียบเรียบร้อยของบ้านเมือง เทศบัญญัติการควบคุมอาคาร ฯลฯ